沖縄本島周辺海域はザトウクジラの冬季繁殖海域として知られ、例年1～3月に本種の来遊が確認されている。本種は、尾びれ腹面の模様や後縁の形状が個体毎に異なっており、この特徴を利用した個体識別が可能である。当財団では、本種の来遊量や繁殖生態を明らかにするため、個体識別を主とした調査を1991年より継続している。
平成28年度の調査では、慶良間諸島周辺と本部半島周辺の調査海域合わせて、のべ536頭分の尾びれ写真を撮影することができた。毎年、撮影した写真と過去の写真とを比較することで個体識別カタログを作成、更新しており、これまでに約1500頭分の個体を識別している。
また、本種の沖縄と他海域間の回遊やその生態をより多角的に調査するため、国内外の各組織と情報交換、共同研究等を実施している。国内では、各地のホエールウォッチング関係者に尾びれ写真の提供を依頼している。28年度は、北海道、沖永良部、那覇の各関係者から、それぞれ4頭、11頭、111頭分の写真を提供頂いた。今後これらの提供写真と当財団のカタログとの照合を実施する。また、日本大学と共同でザトウクジラに付着するオニフジツボに関する調査も行った。
国外との連携では、フィリピンとロシアからザトウクジラ研究者を招聘し、共同調査を行うと共に（図-1）尾びれ写真の交換、照合を行った。28年度は当財団と同国の3組織共同で「ザトウクジラの繁殖海域と摂餌海域間の回遊と交流」についての論文を作成、投稿した（図-2）。

当財団では南西諸島における鯨類相を把握するため、鯨類がストランディング（漂着、迷入等）した際に、種や大きさ、場所等を記録している。平成28年度は、計4科5種が確認された（表-1）。
嘉手納町に漂着した体長5.3ｍのザトウクジラは、体長が性成熟個体（平均11～16ｍ）に比べ小さく、亜成熟個体であると推定された。本種はこれまでに6例、今年で3年連続して沖縄本島で漂着が確認されている。現在、沖縄近海における本種の推定来遊数は増加傾向にあるため、今後も漂着や混獲が増加する可能性が示唆される。

沖縄県内のホエールウォッチング（以下WW）事業者を対象に「沖縄ザトウクジラ会議2016」を開催した（図-3）。4回目の開催となる28年度の会議では、「衛星タグで探る海の動物たちの行動」をテーマに、北海道大学北方生物圏フィールド科学センターの三谷曜子准教授を講師としてお招きし「点と点とをつなぐために～天からクジラを追う方法～」と題して講演を頂いた。また、WWツアーにおけるサービス内容の質向上等に役立てて頂くことをテーマに、当財団が行っている鯨類の野外調査、板鰓類の衛星タグ調査の報告等について財団職員2名が講演を行った。県内の事業者ら16社51名の参加があり、特に質疑応答では、日頃WWツアー中で感じる疑問等多くの質問が寄せられた。